Moduł filtracji membranowej pracuje przy wyjątkowo niskiej różnicy ciśnień (TMP) na całej powierzchni membrany. Oznacza to, że nadawa przechodząca przez membranę nie przylega do powierzchni, ani nie zbiera się na niej.
Nadawa płynie w górę między membranami, a filtrat przechodzi przez ich powierzchnie. W celu zapewnienia efektywnej cyrkulacji nadawy oraz do osiągnięcia prędkości koniecznej do wystąpienia przepływu krzyżowego stosuje się bąbelki powietrza. Powoduje to również efekt czyszczenia. Niezależnie od tego czy elementy są pojedyncze, czy ustawione dwu lub trzypiętrowo, powietrze dodawane jest tylko poprzez jeden napowietrzacz na spodzie.
Oznacza to, że spadek ciśnienia na membranie jest bliski zeru, i że na membranie brak obszarów nieprzepuszczających filtratu. Skrajnie niskie ciśnienie trans membranowe oznacza, że membrany są znacznie mniej podatne na zarastanie, co skutkuje dłuższym okresem użytkowania przed wymianą oraz wydłużonymi okresami pracy między czyszczeniem.
Kiedy jednak jest potrzeba w końcu wyczyścić membrany, cała ich powierzchnia jest efektywnie czyszczona przy użyciu procedur jak relaksacja, pulsowanie wsteczne, mycie Cleaning in Place (CIP) oraz cyrkulacja.